Raportu o oddziaływaniu przedsięwzięcia na obszar Natura 2000 powinien być ograniczony do określenia oddziaływania przedsięwzięcia na obszar Natura 2000 (art. 97, ust. 4). 

Po przeprowadzeniu oceny oddziaływania przedsięwzięcia na obszar Natura 2000 regionalny dyrektor ochrony środowiska wydaje postanowienie w sprawie uzgodnienia warunków realizacji przedsięwzięcia w zakresie oddziaływania na obszar Natura 2000 (art. 98, ust. 1). 

Ocenę oddziaływania przedsięwzięcia mogącego zawsze znacząco lub mogącego potencjalnie znacząco oddziaływać na obszary Natura 2000 oraz na inne formy ochrony przyrody, a także na ciągłość łączących je korytarzy ekologicznych, dokonuje się także w ramach procedury oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko oraz sporządzenia raportu z tej oceny (art. 66, ust. 1). W jej ramach dokonuje się identyfikacji form ochrony przyrody oraz korytarzy ekologicznych objętych zakresem przewidywanego oddziaływania planowanego przedsięwzięcia na środowisko, dokonuje się porównania oddziaływań analizowanych wariantów, a także opisuje się przewidywane działania mające na celu unikanie, zapobieganie, ograniczanie lub kompensację przyrodniczą negatywnych oddziaływań na formy ochrony przyrody oraz ciągłość łączących je korytarzy ekologicznych. 

Dla parków narodowych, rezerwatów przyrody i parków krajobrazowych sporządza się i realizuje plan ochrony (art. 18, ust. 1 ustawy z dnia z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody).