Ekspertyza przyrodnicza to specjalistyczna usługa polegająca na opracowaniu opinii dotyczącej obecności w obszarze planowanego przedsięwzięcia gatunków grzybów, roślin i zwierząt podlegających ochronie prawnej, a także ich siedlisk. Opinia przyrodnicza zawiera zalecenia dotyczące sposobów ochrony stanowisk tych gatunków oraz propozycje działań mających na celu uniknięcie, zapobieżenie, ograniczenie lub kompensację przyrodniczą negatywnych oddziaływań planowanego przedsięwzięcia na chronione elementy różnorodności biologicznej. 

Ekspertyza przyrodnicza jest najczęściej elementem wniosku o wydanie zezwolenia na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków grzybów, roślin lub zwierząt objętych ochroną oraz wniosku o wydanie zezwolenia na usunięcie drzew lub krzewów. W przypadku tego drugiego wniosku, jest potwierdzeniem dla organu ochrony przyrody braku zasiedlenia planowanych do wycięcia drzew i krzewów przez gatunki grzybów, roślin i zwierząt podlegające ochronie lub w przypadku ich zasiedlenia przez te organizmy, konieczności nałożenie obowiązku uzyskania zezwolenia na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków grzybów, roślin lub zwierząt objętych ochroną.